今天我們隆重推出第二種網絡圖繪制工具——權重網絡圖賣煙油的網站，可以將基因間賣煙油的網站的調控互作關系繪制成一個有權重的網絡圖，展示的是基因間的共表達關系以及相關性強弱關系。
權重網絡圖與有向網絡圖的主要區別在哪里？那么，我們做個簡單的比較：
有向網絡圖更關心調控的方向，例如，miRNA對靶基因的調控作用；
權重網絡圖不關注調控關系的方向，關心的是調控關系的強弱?；蛘{控關系的強弱（也可以稱為調控關系的權重）可以在圖形中被充分展示。同時，在權重網絡圖中，基因的連通性（connectivity）可以使用節點（節點即代表基因）的顏色或大小來表示，從而有利于突出展示調控網絡圖中的處于調控樞紐位置的核心基因。
什么是基因連通性？
即網絡圖中的某個基因與其他基因的調控關系的數量或強弱程度之和。連通性越高，則說明該基因在該調控網絡中處于核心（hub）的位置，潛在功能更重要。如下圖所示，基因A在這個調控網絡中連通性最高，處于網絡圖的核心位置，說明基因A在這個基因調控網絡中可能具有重要的作用。
因此，我們的權重網絡圖工具可以畫出如下面的圖：
這個圖展示的是草莓花托在發育過程中的基因表達調控網絡。網絡圖中的結點（基因）越大、顏色越紅，代表該基因在網絡圖中的連通性越大，即在調控網絡中處于越重要的位置。我們可以看出，位于網絡圖核心位置的基因大部分為轉錄因子（TF），他們與其他基因的連通性最高，表明這些基因在基因表達調控網絡中具有最重要的作用。
下面我們就來看看如何繪制這樣的權重網絡圖：
步驟
01 進入工具
從OS Tools首頁找到“權重網絡圖”工具，點擊進入。進入后發現版面很簡潔，只需要輸入一個文件：邊界文件，和設置兩個參數：連通性方法和權重范圍選擇。而且邊界文件也只有三列，那是因為與有向網絡圖一樣，網絡圖的樣式修改是在任務完成后再隨意修改的，后面會詳細介紹~
02 輸入文件
需要輸入一個邊界文件作為作圖數據。邊界文件至少必須包含三列：
第一列和第二列為基因名稱或基因ID，在同一行中，表示第一列的基因和第二列的基因有相互作用關系（沒有方向的區分）。
第三列為權重（weight），即兩個基因間的相關關系，在繪制出來的權重網絡圖中，基因間的權重將會平均分成四份，從權重小到大分別用點線、短虛線、長虛線、實線來表示。
這三列之后還可以有其他數據，比如基迪奧WGCNA結題報告中給出的cytoscape配置文件edge文件，總共有六列。因此，可以直接將這個edge配置文件輸入，畫出權重網絡圖。
要注意的是，邊界文件必須包含表頭，表頭可以自定義，如：fromNode, toNode, weight。
03 參數設置
1.連通性方法
如上面所說，連通性指的是網絡圖中的某個基因與其他基因的調控關系的數量或強弱程度之和。連通性的計算方法有硬閾值和軟閾值兩種方法。這兩種方法的區別粗暴地說就是有無和多少的區別。
硬閾值是簡單地從“有無”來計算基因的連通性，即某個基因與多少個其他基因有關聯，連通性即為多少。比如基因A總共與10個基因有相互作用，則基因A的連通性為10。而軟閾值是從“多少”來計算基因的連通性的，是指一個基因與其他基因的相關系數（權重，weight）的總和。例如基因A與基因B的權重為0.2，與基因C的權重為0.3，與基因D的權重為0.5，則基因A的連通性為0.2+0.3+0.5=1。
不是很懂？那么小師妹用一個生動的例子來說明吧！基迪奧小師妹和基迪奧小師兄都各有10個朋友，那么我們對應的硬閾值連通性都是10。但是小師妹的10個朋友中，大部分都和小師妹感情很好，是親密的閨蜜，而小師兄只有一個很好的哥們，其他的朋友都是點頭之交。那么小師妹的軟閾值連通性就要比小師兄高了，哈哈哈哈！
通常，選擇軟閾值來計算基因的連通性，要比硬閾值更能反應基因在調控網絡圖中的地位，WGCNA分析中模塊中基因的連通性也是用軟閾值方法來計算的。但你們也可以根據實際情況來選擇不同的連通性計算方法。
2.權重范圍
通常，在一個基因調控網絡中，基因數目非常多，兩兩基因間都會算出一個權重（相關系數），因此，如果把整個文件所有基因和關系都用來做網絡圖，出來的圖肯定密密麻麻什么都看不清。而且通常我們關注的是權重較大、相關關系較強的基因間共表達關系，一般情況下這類基因才具有生物學意義。因此沒有必要把所有的共表達關系都畫出來。所以，我們可以自行設置權重范圍，展示特定權重范圍下的基因間調控關系。比如選擇權重范圍在0.5-1.0之間的基因來作圖。
注意：如果連通性方法選擇的是硬閾值，系統運行時是先篩選權重范圍再在這個范圍內計算基因的連通性；如果連通性方法選擇的是軟閾值，則是先計算每個基因的連通性后再篩選權重范圍進行畫圖展示。
舉個例子：A基因和5個基因間存在調控關系，表達量相關系數的強弱（即權重值）分別是：0.1，0.3，0.5，0.6，0.9。
然后我們選擇權重范圍：0.5~1繪圖。
那么，根據兩種計算方式得出的A基因的連通性分別是：
硬閾值：3 （因為有3個調控關系位于這個范圍）
軟閾值: 0.1 + 0.3 + 0.5 + 0.6 + 0.9 =2.4（即使不在閾值范圍內的調控關系，依然被保留和相加）
04 提交任務、查看結果
輸入邊界文件、設置好參數后，就可以提交任務了。任務是瞬間完成的~~點擊“結果預覽”，即可跳到網絡圖樣式調整界面：
05 網絡圖樣式調整
得到網絡圖后，接下來就對網絡圖進行樣式調整?？梢赃M行全局樣式調整、結點連通性表現形式設置、邊界的樣式調整、結點的樣式調整，也可以單擊某個結點或某條邊界進行單個結點或邊界的樣式調整。
1.全局樣式調整
和有向網絡圖一樣，可以調整網絡圖布局、是否顯示結點標簽、標簽字體大小等。將剛才的網絡圖調整為“圓形”的網絡布局：
合并邊界：畫出來的網絡圖的邊界默認是根據權重大小分為四種線形的（如“2. 輸入文件”所述），看上圖就知道。如果不想展示基因間權重的不同，可以在“合并邊界”這里選擇“是”，那么所有的邊界都變為實線了。
2.結點連通性設置
結點連通性的表現方式有兩種：顏色和大小，可以任意選擇其中一種表現方式，或兩種都選或不選?？梢宰孕性O置顏色的漸變范圍，和漸變的大小值。小師妹就喜歡顏色和大小都選擇，這樣更加直觀地展示出哪些基因連通性高。這里我選擇從白到紅的顏色漸變，大小從18-35。
從圖中我們可以看出，ENSOART00000018050等基因顏色最紅、結點最大，說明連通性最高。
另外，基因連通性的顏色漸變圖例可以另行下載為svg格式，后期可將圖例和網絡圖PS在一起：
3.邊界、結點樣式設置
和有向網絡圖一樣，可以對邊界、結點的樣式進行統一設置。
4.單獨結點、邊界設置
雙擊某結點、邊界，可對單個結點、邊界進行樣式設置。
06 保存結果
調整好樣式后，點擊右上角的“保存網絡圖”，可保存為png, pdf, svg格式。記?。赫{整好樣式后務必記得保存，因為系統是不會自動保存你調整過的樣式的，如果把這網頁結果關閉，重新打開時就需要重新調整了！那么你剛才的功夫都白費了！
來源：基迪奧生物
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